Der dreifache Verwandlungs- oder Verklärungsprozess, wie er in der Geistesschule des Goldenen Rosenkreuzes von ihren Gründern Jan van Rijckenborgh und Catharose de Petri gelehrt und in ihren Veröffentlichungen dargestellt wurde, wird auch Transfiguration genannt. Darin kommen dem zentralen Nervensystem und dem Chakra-System wichtige Aufgaben zu. Im Unterschied zur indischen Kundalini-Lehre, die durch Übungen einen Bewusstseinswandel herbeiführen will, beginnt der Transfigurationsprozess auf dem westlichen gnostisch-hermetischen Einweihungsweg im Herzen. Sein Fortschreiten ist vom Bewusstseins- und Lebenszustand des nach Befreiung strebenden Menschen abhängig (siehe dazu den Beitrag „Die Schlangenkraft“).
Der dreifache Prozess betrifft nacheinander das Bewusstsein, die Seele und den Körper.
Die Voraussetzung, dass überhaupt ein Prozess in Gang kommt, ist die Einsicht in die Zusammenhänge des Lebens auf dem Hintergrund eines göttlichen Planes. Daraus muss ein tiefes Verlangen nach Verwirklichung erwachsen, verbunden mit einer grundlegenden Lebensumkehr. So wird im Herzen eine erste Berührung des Geistfunkens durch einen göttlichen Strahlungsimpuls möglich. Aus dem Geistfunken entspringt dann das Feuer der reinigenden „Kundalini des Herzens“, die „Kraft der Ewigkeit“.
Wenn das Bewusstsein ein gewisses Stadium der Reinheit erreicht hat, kann ein erster Eindruck der göttlichen Einheit empfangen werden, in der der ursprüngliche Mensch der göttlichen Schöpfung einst lebte. Dieses Empfinden ist keine persönliche Begegnung, kein persönlicher Besitz, sondern ein sehr einfaches und sicheres Wissen. Es ist das Wissen, dass in jedem heutigen Menschen der Bauplan für die Wiederherstellung dieses ursprünglichen, göttlichen Menschen angelegt ist. Diesem Plan zu dienen ist sein tiefstes Anliegen.
Das ist die erste Phase des Transfigurationsprozesses, die der Taufe Jesu am Jordan entspricht. Auf diesem Weg tritt der dafür durch vielerlei Erfahrungen vorbereitete Mensch in einen neuen Seinszustand des Nicht-Gebunden-Seins, des Nicht-Reagierens und der Selbstübergabe an seinen innersten Geistkern ein. So wird das Ich nach und nach überwunden und es entwickelt sich ein höheres Seelenleben.
In dem Buch „Der kommende neue Mensch“ von Jan van Rijckenborgh wird der folgende Prozess so beschrieben: Der erste Impuls zur Neubeseelung wird vom Herzchakra aufgenommen, das mit der Thymusdrüse verbunden ist. Von dort wandert der Lichtimpuls über das Chakra-System und den kleinen Blutkreislauf ins Gehirn und zündet hier im Bereich der Pinealis – bildlich gesprochen – das Gnosis-Licht an (die Pinealis = Epiphyse = Zirbeldrüse, wird auch „drittes Auge“ genannt). Von da strömt dieses Licht als magnetischer Kraftstrom nicht in das gewöhnliche Schlangenfeuer, sondern über den rechten Strang des Sympathikus bis in den Sakralplexus am unteren Ende des Rückgrats, der vom gewöhnlichen Schlangenfeuer nahezu ganz isoliert ist. Dort verbindet er sich mit dem linken Strang des Sympathikus und wird danach wieder zu seinem Ausgangspunkt im Hauptheiligtum emporgeführt. Dann ist der Durchgang im „Turm der Mysterien“ vollbracht, und der neue Prozess beginnt zu wirken.
